• DNA Baser é uma avançada bioinformática aplicação de software especializada em sequência de DNA de montagem, análise de sequência, contig edição e detecção de mutações. Quando você pensa sobre a biologia molecular programas que automaticamente ligá-los com uma visão abrangente e, por vezes, um aglomerado de interface onde você precisa dedicar seu tempo a fim de obter uma idéia sobre como o software pode ser modificado. No entanto, claramente não é esse o caso com o DNA de Mais vil. A ferramenta apresenta uma interface amigável layout, incorpora tutoriais para ajudar você a aprender mais sobre suas características, dá-lhe acesso rápido a um manual de ajuda on-line, e fornece vários exemplos que podem ser importados em seus projetos. Quando se trata de importar os dados em seus projetos, você tem permissão para adicionar informação da ABI, SCF, RÁPIDO, TXT, SEQ, GBK, ou formato de arquivo CSV. DNA Baser lista todas as tarefas no painel principal, de modo que você pode facilmente continuar com o trabalho com a sequência de processamento, a saber, a sequência de montagem (único contig montagem ou lote de montagem baseada no padrão de nome ou subpastas) ou de edição e opções de limpeza (sequência simples de edição e limpeza de lote ou de sequência de limpeza). Se você opt para a detecção de mutações processo, você tem a liberdade de aplicar este tipo de tarefa em um único cromatograma ou através de seqüência de montagem e alinhamento a partir de um único organismo (multiploid com a clonagem ou diplóides, sem clonagem) ou a partir de diferentes organismos (dois ou mais), tais como haploids, multiploids com a clonagem ou diplóides, sem a clonagem. Há suporte para vários cursos de pós processamento de opções que você pode aproveitar, nomeadamente sequência dereplicator (se encontrar arquivos duplicados, você pode copiar ou movê-los para uma pasta personalizada) inversa e complementar. Você pode fazer uso de processamento em lote para converter vários arquivos (e.g. ABI, SCF, RÁPIDO, TXT, SEQ) para o formato de arquivo FASTA. Quando se trata de codificação GBK arquivos FASTA formato de arquivo, você pode selecionar os elementos que você quer incluir na saída do arquivo FASTA, tais como a definição de organismo, versão, o gene e o clone. DNA Ruins também características de auto-limpeza (limpeza) do mau extremidades dos cromatogramas, mostra sincronizada entre os cromatogramas e contig, algoritmo proprietário para a correção da ambíguo bases, automático vetor de remoção de metadados e integração, bem como o cromatograma visualizador e editor. Para resumir as coisas, DNA Baser vem com um conjunto abrangente de recurso e oferece um ambiente limpo e inteligente do ambiente de trabalho para a gestão da sequência de DNA de conjuntos, e é adequado especialmente para usuários profissionais.
  • DNA Başer DNA dizisi montaj, dizi analizi, contig düzenleme ve mutasyon tespiti konusunda uzmanlaşmış gelişmiş biyoenformatik yazılım uygulamasıdır. Yazılımı otomatik olarak değiştirilebiliyor hakkında bir fikir edinmek için zaman ayırmanız gereken kapsamlı ve bazen kalabalık bir arayüz ile bunları bağlamak Moleküler Biyoloji programları düşününce. Ancak, bu açıkça DNA Başer ile durum böyle değil. Aracı çevrimiçi Yardım kılavuzu Hızlı erişim sağlar kullanıcı dostu düzeni, özellikleri hakkında daha fazla bilgi yardımcı olmak için eğitimler gömer, görüntüler, ve projelerde alınan birkaç örnek sağlar. Projelerinizi veri alma gelince, ABİ, FARK, HIZLI, TXT, SEQ, GBK, ya da CSV dosyası biçimi bilgi eklemek için izin verilir. DNA Başer ana panelinde tüm görevleri listeler, bu kadar kolay işlem sırası, adı desen veya alt temel (tek contig montaj veya toplu derleme) yani sıra Meclis ile çalışma veya düzenleme ve tek sıra düzenleme ve temizleme veya toplu temizlik sırası) seçenekleri temizliği ile devam edebilirsiniz. Eğer mutasyon tespit işlemi için tercih ederseniz, tek bir kromatogramın sıra montaj/hizalama aracılığıyla veya (klonlama veya diploid ile multiploid klonlama olmadan) tek bir organizma ya da daha fazla (iki) farklı organizmalar gibi haploids, klonlama olmadan klonlama ile multiploids veya diploids olarak gelen veya bu özel görev uygulamak için özgürlük verilir. Yararlanmak birkaç işlem sonrası seçenekleri için destek, yani sıra dereplicator (yinelenen bir dosya bulunursa, kopyalama veya özel bir klasöre taşıyın ve tamamlayıcı ters). Dosya biçimi FASTA (örn ABİ, FARK, HIZLI, TXT, SEQ) çeşitli dosyaları dönüştürmek için toplu işlem kullanabilirsiniz. Dosya biçimi FASTA için GBK dosyalarını kodlama için geldiğinde, çıkış FASTA dosyası, bu tanımı, organizma, sürüm, gen ve Klon olarak eklemek istediğiniz öğeleri seçmek için izin verilir. DNA Başer ayrıca otomatik temizleme chromatograms kötü biter (kesme), chromatograms ve contig, belirsiz üsleri düzeltilmesi için özel algoritma, otomatik vektör kaldırılması ve meta veri entegrasyonu yanı sıra kromatogramın görüntüleyici ve editör arasındaki görüntü senkronize özellikleri. Şeyler özetle, DNA Başer özelliği kapsamlı bir paketi ile birlikte gelir ve DNA dizi derlemeleri yönetmek için temiz ve akıllı bir çalışma ortamı sunar ve özellikle profesyonel kullanıcılar için uygundur.

  • DNA Baser is an advanced bioinformatics software application specialized in DNA sequence assembly, sequence analysis, contig editing and mutation detection.

    When you think about molecular biology programs you automatically link them with a comprehensive and sometimes a crowded interface where you need to dedicate your time in order to get an idea about how the software can be tweaked.

    However, this is clearly not the case with DNA Baser. The tool displays a user-friendly layout, embeds tutorials for helping you learn more about its features, gives you quick access to an online help manual, and provides several samples that can be imported in your projects.

    When it comes to importing data into your projects, you are allowed to add information from ABI, SCF, FAST, TXT, SEQ, GBK, or CSV file format.

    DNA Baser lists all tasks in the main panel, so you can easily proceed with working with sequence processing, namely sequence assembly (single contig assembly or batch assembly based on name pattern or subfolders) or editing and cleaning options (single sequence editing and cleaning or batch sequence cleaning).

    If you opt for the mutation detection process, you are given the freedom to apply this particular task in a single chromatogram or through sequence assembly/alignment from a single organism (multiploid with cloning or diploid without cloning) or from different organisms (two or more), such as haploids, multiploids with cloning or diploids without cloning.

    There’s support for several post processing options that you can take advantage of, namely sequence dereplicator (if duplicate files are found, you can copy or move them to a custom folder) and reverse complement.

    You can make use of batch processing in order to convert various files (e.g. ABI, SCF, FAST, TXT, SEQ) to FASTA file format. When it comes to encoding GBK files to FASTA file format, you are allowed to select the elements that you want to include in the output FASTA file, such as definition, organism, version, gene, and clone.

    DNA Baser also features automatic cleaning (trimming) of the bad ends of chromatograms, synchronized display between chromatograms and contig, proprietary algorithm for correction of ambiguous bases, automatic vector removal and metadata integration, as well as chromatogram viewer and editor.

    To sum things up, DNA Baser comes with a comprehensive suite of feature and delivers a clean and smart working environment for managing DNA sequence assemblies, and is suitable especially for professional users.